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苹果手机短信删除了仍然有显示的可能原因如下。
1、可能存在短信缓存中，尝试重启设备并检查短信是否仍然显示。
2、可能使用了某些第三方应用或同步工具，导致已删除的短信仍然出现在设备上，建议检查并关闭这些应用的同步功能，或卸载这些应用。
3、短信可能被同步到了iCloud或其他iCloud设备中，登录iCloud账户，查看是否有同步的短信，如果有，可以选择删除该短信或断开同步功能。
4、iPhone的短信是保存在imbox文件夹中的，可能由于某种原因未被完全删除，可以尝试彻底清除短信数据，但请注意，这会删除所有短信，建议提前备份需要的短信。
如果以上方法都无法解决问题，建议联系苹果官方客服或前往附近的苹果专卖店寻求帮助。